neljapäev, 6. juuni 2013

fs: Sünteetiline analoogarvuti elavates rakkudes

 An analog computer inside a living cell 
 Pilt: Extremetech.com
                                                         
Mai keskel ajakirjas Nature avaldatud töös (Synthetic Analog Computation in Living Cells) näitavad MIT’i (Massachusetts Institute of Technology) teadlased, kuidas sünteetilisi analoog-geeni-ahelaid on võimalik panna elavates rakkudes teostama keerulisi arvutusi, kasutades vaid kolme transkriptsiooni faktorit. Sellel tööl on mitmeid rakendusi biotehnoloogias, meditsiinis ja energeetikas ning see on pioneeriks analoog-sünteetilise bioloogia ja analoogsüsteemide bioloogia valdkonnas, mis on seni keskendunud digitaalsetele lahendustele.

Enamasti on sünteetiliste geeni-ahelate loomisel elus rakkudes keskendutud digitaalsetele lahendustele, nagu kemikaali olemasolu või puudumine, kuid digitaalse sisendi muundamine digitaalseks väljundiks läheb vastuollu raku loomuliku kalduvusega reageerida analoog-muutustele, nagu kemikaali kontsentratsiooni suurenemine või vähenemine. Sundides analoogi-kalduvusega rakke tegutsema digitaalselt, on tulemuseks liiga keerulised ahelad. Analoogarvutused aga rakendavad funktsioone, mis rakkudes juba eksisteerivad, mistõttu need on märkimisväärselt efektiivsemad. MITi teadlaste molekulaarsed ahelad võivad arvutada logaritme, liita, lahutada, korrutada, jagada ja võtta ruutjuuri vähem kui kolme geeni osaga, võrreldes digitaalsete lahendustega, mis nõuavad sadu osi ja mida on raske rakkudes teostada.

Lisaks võivad analoogahelatel olla ka teistsugused kasutusalad, kui digitaalahelatel. Näiteks on võimalik panna ahel maksimeerima proteiini (nt insuliini) tootmist, vältides sealjuures toksilise tasemeni jõudmist. Digitaalne lahendus võimaldaks ainult insuliini tootmise sisse või välja lülitada, analoogahel aga võimaldab leida tasakaalupunkti võimalike insuliini tootmise tasemete vahel.

Töö põhineb varasemal uurimusel (Log-Domain Circuit Models of Chemical Reactions ), mis näitas, et on olemas hämmastavad sarnasused log-domeenide võrrandite vahel keemias ja analoog-elektroonikas.